Şeker pancarı kök hastalıkları tohumdan bulaşabildiği gibi toprakta bulunan mantar, bakteri ve virüsler sayesinde de hastalanabilir. Hastalıklardan korunmanın ilk kuralı münavebe yani bitkileri türlerine göre dikkat ederek nöbetleşe ekmek. İkincisi iyi bir tarla hazırlığı zamanına göre ve zamanında uygun aletler ile yapmak. Üçüncüsü tarlanın organik madde seviyesini yüksek tutmak. Dördüncüsü on bitkiden geçebilecek hastalıkları göz önünde bulundurmak örneğin buğdaydan fusarium mısırdan da rhizoctania ki bunlar çok sulanmış ağır işlenmiş genelde on bitki de de gözükmüş olan hastalıklardır bunu da göz önüne alarak üretim yerine dikkat etmeli. Beşincisi yörede baş gösteren hastalıklara dayanıklı çeşitleri ekmeli. (Kök sakallanması ,külleme ,yaprak lekesi birde zararlılar grubunda bulunan kist nematodu için dayanıklı çeşitler )
Sonuç olarak esas söylemek istediği tedbiri önceden alın bitkininde gübre su ve bakim işlemlerini de zamanında ve dengeli yapın yoksa hastalıklara yakalandıktan sonra ya çok geç kalkınmakta yada mücadele başarılı olamamaktadır. Örneğin pancarın kökte meydana gelen özellikle kök yanıklığı hastalığına karşı tohumlar thiram, hymaxsazol gibi fungusitlerle ilaçlı olarak size veriliyor. Bitkiler tohum ilaçlanmasına rağmen hastalanıyor ise iklimin etkisinden çok üreticinin teknik hatası burada daha ağır basıyor.